Sinopsis

La película toma lugar en dos escenarios. La primera mitad, en un desierto sin nombre, involucra el viaje del protagonista y su hijo para derrotar a los cuatro maestros del revolver. Cuando El Topo encuentra a un maestro, éste le enseña una lección, luego de lo cual se baten a duelo, y El Topo hace trampa cada vez. El último maestro se mata a sí mismo, en una demostración de la poca importancia de la vida. La primera mitad termina con la traición a El Topo y su frustrado asesinato.

La segunda mitad de la película toma lugar años después, luego que El Topo es rescatado por una banda de marginados deformes, salvándolo de la muerte. La banda conduce a El Topo a su comunidad subterránea, donde él, estando en coma, medita acerca de las cuatro lecciones por varios años. Cuando despierta, "renace" con la ayuda de los marginados, y se va en busca de la libertad de los deformes desde su prisión subterránea.